Lễ bốc thăm cho vòng loại được tổ chức vào ngày 21 tháng 4 năm 2017 tại tòa nhà AFC ở Kuala Lumpur, Malaysia.[2] 43 đội được chia thành mười bảng: ba bảng có năm đội và bảy bảng có bốn đội. Để bốc thăm, các đội được chia thành hai khu vực:[3]

• Khu vực Tây: 22 đội đến từ Đông Á, Trung Á và Nam Á, chia thành năm bảng: hai bảng năm đội và ba bảng bốn đội (Bảng A–E).
• Khu vực Đông: 21 đội đến từ Đông Nam Á và Đông Á, chia thành năm bảng: một bảng có 5 đội và bốn bảng có 4 đội (Bảng F–J).

Các đội được xếp hạt giống trong từng khu vực theo thành tích của họ trong vòng chung kết và vòng loại Giải vô địch bóng đá U-19 châu Á 2016 (xếp hạng tổng thể được hiển thị trong ngoặc đơn; NR là viết tắt của các đội không được xếp hạng).

• Đội được in đậm là những đội vượt qua vòng loại.
• (H): Đội chủ nhà vòng loại (* Jordon thay Iran làm chủ nhà bảng E, Đài Bắc Trung Hoa được chọn làm chủ nhà bảng H sau lễ bốc thăm, bảng còn lại được tổ chức tại địa điểm trung lập, do Úc được chọn làm chủ nhà sau lễ bốc thăm nhưng sau đó đã được thay thế)
• (Q): Chủ nhà của vòng chung kết, tự động đủ điều kiện bất kể kết quả vòng loại.
• (W): Rút lui sau lễ bốc thăm.